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PyMOL

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PyMOL
Uma instância PyMOL, com o visualizador e o GUI visíveis.
Uma instância PyMOL, com o visualizador e o GUI visíveis. Image: source and license
AutorWarren Lyford DeLano
DesenvolvedoresSchrödinger, Inc.
Lançamento inicial2000
Lançamento estável2.0.4 / 13/10/2017
Repositóriogithub.com/schrodinger/pymol-open-source
Escrito emC, C++, Python
Sistema operacionalPlataforma cruzada: macOS, Unix, Linux, Windows
TipoModelagem molecular
LicençaPython License[1]
Websitewww.pymol.org
Logótipo do PyMOL
Logótipo do PyMOL Image: source and license
Um exemplo do PyMOL, com o Visualizador e a GUI visíveis. Licença original: Python License, agora sob licença proprietária
Um exemplo do PyMOL, com o Visualizador e a GUI visíveis. Licença original: Python License,[2] agora sob licença proprietária[3] Image: source and license

PyMOL é um software de fonte disponível[3] de um sistema de visualização de moléculas criado por Warren Lyford DeLano. Foi comercializado inicialmente pela DeLano Scientific LLC, que era uma empresa de software privada dedicada a criar ferramentas úteis que se tornassem acessíveis universalmente para as comunidades científicas e educativas. Atualmente é comercializado pela Schrödinger, Inc.

Como a licença de software original era uma licença permissiva, puderam retirá-la e as novas versões já não saem com a Licença Python, mas sim com uma licença de uso de serviço (garantindo um uso amplo, redistribuição e direitos de modificação, mas atribuindo o copyright de qualquer versão à Schrödinger, LLC.),[3] e alguns dos códigos-fonte já não estão libertados.[4] O PyMOL pode produzir imagens tridimensionais de alta qualidade de pequenas moléculas e macromoléculas biológicas, como proteínas, sendo um programa muito utilizado.

PyMOL é uma das poucas ferramentas de visualização principalmente de modelo de fonte aberta disponíveis para o uso em biologia estrutural. A parte Py do nome do programa refere-se ao facto de o programa ter sido escrito na linguagem de programação Python.

O PyMOL usa OpenGL Extension Wrangler Library (GLEW) e FreeGLUT, e pode resolver equações de Poisson-Boltzmann usando o Adaptive Poisson Boltzmann Solver.[5] O PyMOL usou Tk para os widgets GUI e tinha binários nativos Aqua para macOS através da Schrödinger, que foram substituídos por uma interface de utilizador PyQt em todas as plataformas quando saiu a versão 2.0.[6]

Nas representações feitas com o PyMOL é atribuído um código de cores aos elementos da tabela periódica.[7]

Referências#edit

  1. ^ «PyMOL Molecular Graphics System». SourceForge
  2. ^ «PyMOL Molecular Graphics System». SourceForge. 2 de junho de 2020
  3. ^ a b c «Open-Source PyMOL». Schrodinger, Inc. 5 de novembro de 2021. Consultado em 7 de novembro de 2021
  4. ^ «PyMOL | pymol.org». pymol.org. Consultado em 7 de novembro de 2021. Filosofia de fonte aberta
    PyMOL é um produto comercial, mas fazemos com que a maioria das suas fontes seja livremente disponível sob uma licença permissiva. O projeto de fonte aberta é mantido pela Schrödinger e finalmente financiado por qualquer pessoa que compre uma licença PyMOL.
    A fonte aberta permite uma ciência aberta.
    Esta era a ideia do autor do PyMOL original Warren L. DeLano.
  5. ^ «APBS». poissonboltzmann.org. Consultado em 7 de outubro de 2020. Arquivado do original em 24 de fevereiro de 2020
  6. ^ «PyMOL v2.0 Release Notes»
  7. ^ «Color Values». pymolwiki. 2010. Consultado em 4 de setembro de 2021

Ver também#edit

Outros artigos#edit

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Categories Softwares de bioinformáticaModelagem molecularBioinformáticaBiologia molecularQuímica computacional

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